Tehtävänmäärittelyä kirjoittamatta ja kuolemia laskematta laumasuojamallinnettu

10.12.2020 Valtioneuvosto antoi tiedotteen ”Hallitus keskusteli epidemian sosiaalisia ja taloudellisia vaikutuksia tarkastelevista skenaarioista”. Tiedotteessa sanottiin: ”Skenaariot on muodostettu valtioneuvoston kanslian, sosiaali- ja terveysministeriön, valtiovarainministeriön ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen yhteistyönä.” Asiaan liittyi muistio.

THL järjesti 14.12.2020 webinaarin (kalvot), jossa esiteltiin muistion pohjatyönä laadittua THL:n tekemää epidemiologista mallinnusta skenaarioista.

Mekanismia, jolla käyrät saadaan laskuun, eli sairastamalla saavutettua laumasuojaa moninkertaisen piilotartuntaolettaman kera, ei voi korostaa tarpeeksi, kun otetaan huomioon aiempi suhtautuminen vastaaviin mallinnuksiin. Toukokuussa 2020 julkaistussa Hetemäen raportissa esitettiin mallinnuksia, joiden yhteydessä ilmoitettiin erilaisia yhtä suurempia ”R0”-arvoja ja sitten kuvaajissa käyrät tulivat jossain vaiheessa alas.

Tartuntakäyrän kääntyminen alas on määritelmällisesti mahdotonta, jos efektiivinen tartuttavuusluku on yli yhden. Matemaattisesti valveutuneille on siten suhteellisen selvää, että Hetemäen raportin ”R0”-lukujen täytyy olla alkuarvoja ja tartuntakäyrän kääntyessä alas efektiivinen tartuttavuusluku on pudonnut alle yhden jollakin mekanismilla. Tällöin on erittäin olennaista kiinnittää huomiota siihen, kuinka karmealla mekanismilla mallinnuksessa tuo käännös tapahtuu. Toukokuussa vaikutti siltä, että ministeritasolla asti Hetemäen raportin skenaarioiden ne yhtä suuremmat tartuttavuusluvun alkuarvot, joilla mallinnuksessa (oletettavasti) saavutettiin (Ruotsin silloisen strategian mallin mukaan) laumasuoja sairastamalla mutta ylittämättä terveydenhuollon kantokykyä, ymmärrettiin sellaisiksi arvoiksi, joihin asti tartuttavuusluku saisi Suomessa nousta rajoituksia purettaessa. 😱

Oletus huimasta piilotartuntamäärästä pysyy edelleen: 26.1.2021 julkaistussa strategiapäivitysluonnoksessa näkyy taas (sivulla 7) kuvaaja, jossa oletetaan tartuntuja olevan noin 2,75 kertaa niin paljon kuin on havaittu.

Mutta takaisin loppuvuoden mallinnukseen: Malli, joka laskee sairaalahoitojaksoja ja tehohoitojaksoja, voisi aivan varmasti laskea myös kuolemia (yksinkertaisimmillaan kertomalla tapausennusteen tapauskuolleisuudella) ja antaa jotain suuntaa longcovid-määristä. Näitä ei kuvaajissa ole. Jos kumulatiiviset kuolemat pantaisiin kuvaajaan, pitäisi olla selvää, ettei ole mitään järkeä puhua siitä, mille kuukaudella epidemiahuippu missäkin skenaariossa asettuisi. Pitäisi olla ilmeistä, että kuolemista pitäisi tulla poliittista painetta parametrien muuttamiselle ennen huippua, jos ajatus siitä, että valtaosa väestöstä saisi tartunnan ei pane miettimään. Tästä tulee mieleeni kysyä: Miksei kumulatiivisia kuolemia pantu kuvaajaan? Asiahan ei vaadi mitään erityistä mielikuvitusta, vaan on melkoisen ilmeinen mallinnettava suure.

Webinaarissa skenaarioiden kuvauset ovat selvempiä kuin muistiossa. Skenaariot ovat:

1. Marraskuun ja joulukuun vaihteen parametreilla jatkaminen
2. 20% suurempi tartuttavuus tammikuusta lähtien
3. Kolmen viikon jaksoissa sahaavat rajoitukset

Samoilla parametreilla jatkaminen on luonteva vertailukohta, joten sen ei voi katsoa osoittavan erityisempää poliittista arvovalintaa. Kun mukaan halutaan jokin pahempi skenaario, se, että vedetään hihasta pyöreitä prosentteja tartututtavuuteen lisää, ei vaikuta erityiseltä poliittiselta signaalilta.

Mielenkiintoisempaa on, miten tuo vähemmän sairastamisen skenaario on valittu. Miksei ole valittu Australian ja Uuden Seelannin tyyppistä tukahdutusmallia vaan Alankomaiden laumasuojan hallintaa muistuttava malli? Kuka on keksinyt mallintaa sahaavaa liikettä, joka toki on mahdollinen seuraus, jos päätökset ovat poukkoilevia, muttei näytä järkevältä suunnitelmana siinä vaiheessa, kun esim. viimeistään Brasilian Manauksen perusteella pitäisi ymmärtää, ettei sairastamalla saavutettava laumasuoja ole kelvollista politiikkaa?

Yllä mainitussa muistiossa tukahduttaminen tyrmätään näin (huom. rajoitustoimienhan tarvitsisi olla pitkäaikaisia vain rajoilla, mutta sitä ei sanota…):

Skenaariot on valittu kahden epärealistisena pidetyn ääripään välistä kuvaamaan kolmea erilaista, mahdollisena pidettyä kehityskulkua. Toinen ääripää olisi tilanne, jossa epidemia etenisi lähes luonnollista kulkuaan ilman sitä hillitseviä politiikkatoimia. Tämä vaihtoehto johtaisi erittäin todennäköisesti korkeaan kuolleisuuteen ja terveydenhuollon kapasiteetin merkittävään ylittymiseen, mitä ei voida sallia. Toisena ääripäänä on yritys pysäyttää tartuntatauti erittäin merkittävillä pitkäaikaisilla rajoitustoimilla. Tämä vaihtoehto ei epidemiologisen tiedon perusteella ole käytännössä saavutettavissa oleva vaihtoehto.

Keskeisin skenaarioiden välinen ero liittyy epidemiankehittymiseen ja toisaalta valittuun politiikkalinjaan, jotka vaikuttavat toinen toisiinsa.

Webinaarissa tukahdutus tyrmättiin sanomalla, että ”kesän lukujen haikaileminen ei varmaan ole ollenkaan infektioepidemiologian oppisuunnan mukaista” (kohdassa 50:50).

Uteliaana siitä, miten sahaava skenaario oli otettu mallinnukseen mukaan ja miten niinkin ilmeinen asia kuin kuolleiden määrä oli jätetty pois, lähetin 16.12.2020 THL:n kirjaamoon otsikolla ”Asiakirjapyyntö: VM:lle laaditun epidemiamallinnuksen tehtävämäärittely” seuraavan sähköpostin:

THL esitteli koronavirusepidemian mallinnusta webinaarissa 14.12.2020 (https://thl.fi/fi/-/epidemian-skenaarioiden-mallinnus-thl-jarjestaa-webinaarin-14.-joulukuuta). Webinaarissa sanottiin (kohdasta 51:20 alkaen), että mallinnus on "tehty VM:n laskelmia varten".

Kun mallinnus on tehty toisen viranomaisen käyttöön, on aiheellista olettaa, että viranomaisten välillä on muodostettu ensin jonkinlainen yhteisymmärrys siitä, mitä mallinnetaan, ja että tämä yhteisymmärrys on muodostettu lähettämällä julkisuuslain tarkoittamia asiakirjoja, tai että jos yhteisymmärrys on muodostettu suullisesti, tulos on kirjoitettu johonkin niin, että on syntynyt viranomaisen hallussa oleva asiakirja.

Lain viranomaisten toiminnan julkisuudesta nojalla pyydän sellaiset mallinnuksen pyytämiseen tai tarjoamiseen liittyvät asiakirjat, joista käy ilmi

1. mikä taho on valinnut mallinnettavat skenaariot
2. mikä taho on ehdottanut kolmen viikon toistuvia rajoitustoimia mallinnettavaksi skenaarioksi
3. mikä taho on valinnut esitettävät ulostulosuureet (todelliset tartuntamäärät, todetut tartuntamäärät, sairaalahoidossa olevien määrä, tehohoidossa olevien määrä)
4. onko kuolleiden määrää ulostulosuureena tarjottu tai pyydetty.

Katson viimeistään mallinnustuloksen esittelyn olevan osoitus asian valmistumisesta lain 6 §:n tarkoittamalla tavalla.

Katson, että pyyntöön tulee vastata maksuttomasti lain 34 §:n 1 momentin kohdan 3 perusteella.

Toivon, että ensisijaisena asiakirjanantamistapana on se, että asiakirjat pannaan julkisesti ilman sisäänkirjautumisvaatimuksia saataville Webiin ja lähetätte minulle sähköpostilla näiden asiakirjojen URL:it. Voin vaihtoehtoisesti vastaanottaa asiakirjat sähköpostin liitteenä.

--
Henri Sivonen

Lisäksi lähetin heti perään toisen sähköpostin otsikolla ”Asiakirjapyyntö: VM:lle laadittua epidemiamallinnusta vastaavat kuolinmäärät”:

THL esitteli koronavirusepidemian mallinnusta webinaarissa 14.12.2020 (https://thl.fi/fi/-/epidemian-skenaarioiden-mallinnus-thl-jarjestaa-webinaarin-14.-joulukuuta). Webinaarissa sanottiin (kohdasta 51:20 alkaen), että mallinnus on "tehty VM:n laskelmia varten".

Talouslaskelmia varten olisi luontevaa tietää myös kuolleiden määrät, joka on sellainen suure, joka voitaisiin arvioida suhteellisen pienin muutoksin sellaisesta mallista, joka jo arvioi sairaalahoitojaksoja ja tehohoitojaksoja. Itse asiassa olisi luontevaa, että kuolemien laskeminen olisi osa mallia, joka laskee taudille alttiin väestön määrää, kuten malli webinaarin mukaan tekee.

Lain viranomaisten toiminnan julkisuudesta nojalla pyydän mallista tuotetun webinaarissa esiteltyjä skenaarioita vastaavat kuvaajat, taulukot tai vastaavat mallista ihmisen luettavaksi tuotetut ulostulot kuolemien lukumääristä, jos sellaiset on asiakirjana toimitettu THL:stä VM:lle.

Jos tällaisia ei ole toimitettu VM:lle mutta tällaiset ulostuloasiakirjat ovat joko VM:lle toimitetuista skenaariomallinnuksista tai niitä olennaisesti vastaavista skenaarioista olemassa THL:n hallussa, pyydän VM:lle toimitettuja skenaarioita parhaiten vastaavat kuolemia koskevat mallin ulostuloasiakirjat.

Muussa tapauksessa pyydän tiedon siitä, että mallia joko ei ole ohjelmoitu laskemaan kuolemia tai että malli laskee kuolemia, mutta THL ei ole tuottanut mallista haltuunsa em. skenaarioita vastaavia ihmisen luettavia kuolemamääriä koskevia ulostuloja.

Katson viimeistään mallinnustuloksen esittelyn olevan osoitus asian valmistumisesta lain 6 §:n tarkoittamalla tavalla.

Katson, että pyyntöön tulee vastata maksuttomasti lain 34 §:n 1 momentin kohdan 3 perusteella.

Toivon, että ensisijaisena asiakirjanantamistapana on se, että asiakirjat pannaan julkisesti ilman sisäänkirjautumisvaatimuksia saataville Webiin ja lähetätte minulle sähköpostilla näiden asiakirjojen URL:it. Voin vaihtoehtoisesti vastaanottaa asiakirjat sähköpostin liitteenä.

--
Henri Sivonen

Asiakirjapyyntöjen lähettämisen jälkeen 18.12.2020 THL julkaisi mallinnuksen lähdekoodia.

Paketin tiedostossa drawPredictionsCjakoon.m on koodia kuolemakuvaajan piirtämiseen (kommentin % KUOLEMAT alla), mutta se on otettu pois käytöstä ehdolla if 0. Mallintajille on kuin onkin tullut mieleen, että kuolemia voitaisiin mallintaa, mutta tuloksen sisällyttäminen kuvaajiin on kytketty pois päältä.

Muuten kiinnostavaa koodissa on se, että esiteltyjen skenaarioiden lisäksi koodissa on mukana yksi lisäskenaario: ehkä hieman Great Barrington -henkinen ”Nykyinen kasvuvauhti, vanhukset suojaan paremmin” / ”Nykyinen kasvu, +50% vanhussuoja”. Kun mallin sovitus on skenaarionumeroltaan 0, nykyinen kasvu on 2, vanhukset suojaan paremmin 3, R +20% tammikuusta 5 ja tuplasulku 8. Olisi ihan mielenkiintoista tietää, millaisia skenaariot 1, 4, 6 ja 7 ovat olleet.

30.12.2020 sain pahoittelumeilin, jossa kerrottiin ruuhkasta koronaan liittyyviin tietopyyntöihin vastaamista ja jossa kerrottiin pyrkimyksestä vastata mahdollisimman pian.

21.1.2021 sain THL:n kirjaamosta vastaussähköpostin otsikolla ”Vastaus tietopyyntöön THL/6849/3.10.00/2020”:

Hei,

Pahoittelemme, että tietopyyntöönne vastaaminen on kestänyt näin pitkään. Olemme selvittäneet pyytämienne asiakirjojen olemassaoloa useilta valtionvarainministeriölle toimitettujen laskelmien laatimiseen osallistuneilta asiantuntijoilta. Johtopäätöksemme on, että mitään pyytämiänne asiakirjoja ei ole syntynyt.

Valtioneuvostolle lähetettävistä laskelmista on keskusteltu suullisesti molempien organisaatioiden relevanttien asiantuntijoiden kesken, eikä keskustelujen lopputulosta ole ainakaan THL:n puolella merkitty mihinkään asiakirjaan, kuten kokousmuistioon tai vastaavaan. Sellaisia pyytämiänne asiakirjoja, joista kävisi ilmi, mikä taho on valinnut mallinnettavat skenaariot, mikä taho on ehdottanut kolmen viikon toistuvia rajoitustoimia mallinnettavaksi skenaarioksi, mikä taho on valinnut esitettävät ulostulosuureet tai onko kuolleiden määrää ulostulosuureena tarjottu tai pyydetty, ei siten THL:ssa ole syntynyt.

Tietopyyntönne täydennyksessä pyydätte lisäksi ”mallista ihmisen luettavaksi tuotetut ulostulot kuolemien lukumääristä, jos sellaiset on asiakirjana toimitettu THL:stä VM:lle”. Tällaisia ”ulostuloja” ei ole toimitettu VM:lle, jonka analyysi ei käsittääksemme tällaista tietoa ole tarvinnut. Tällaisia ulostuloasiakirjoja joko VM:lle toimitetuista skenaariomallinnuksista tai niitä olennaisesti vastaavista skenaarioista ei myöskään ole THL:n hallussa. Tätä mallinnusta ei ilmeisesti ole noihin aikoihin juurikaan käytetty kuolleisuuden tarkasteluun, sillä kuolleisuus riippui Suomessa niin vahvasti mm. viruksen pääsystä yksittäisiin vanhuksia hoitaviin laitoksiin. Myöskään tietopyynnön täydennyksessä pyytämiänne asiakirjoja ei siten ole syntynyt.

Ystävällisin terveisin,
Tuuli Karppinen
Terveyden ja hyvinvoinnin laitos

Pidän hyvin erikoisena, että viranomaistenvälinen yhteistyö tehdään suullisesti ja ulkomuistista kirjoittamatta ylös, mitä on sovittu tehtäväksi.

On ihan järkeen käyvää, että kuolemat riippuvat hyvin vahvasti viruksen pääsystä yksittäisiin laitoksiin. Tapauskuolleisuus kasvaa huimasti iän myötä. Mallin tiedostoon COVIDdisease.m on kovakoodattu seuraavat kertoimet, joista viimeinen näyttää edustavan vanhimman ikäluokan tapauskuolleisuutta:

% Kuoleman todennäköisyys per HAVAITTU tartunta;
dprob = [0.0001
    0.0001
    0.0002
    0.0006
    0.0007
    0.0018
    0.0060
    0.0588
    0.2690];

Mutta: Mallista kehdataan vetää johtopäätöksiä, vaikka se perustuu olettamaan siitä, että laumasuoja syntyy (Manaus viittaa siihen, ettei näin käy ainakaan oppikirjaraja-arvon mukaan), ja olettamaan siitä, että piilotartuntoja on moninkertaisesti (kova serologinen todistusaineisto puuttuu). Jos noin olennaisissa asioissa annetaan mallin rakenteen viedä, vaikuttaa huomattavalta uteliaisuuden puuttelta olla panematta mallin kuolema-arvoita näkyviin.

Kun kuolemakäppyrä on vain sen takana, että vaihdetaan rivi if 0 muotoon if 1, katsotaanpa, mitä sieltä tulee. (Huom! Skenaarioiden nimissä nykyisyys viittaa marraskuuhun 2020.)

Nykyinen kasvu

Nykyinen kasvu, +50% vanhussuoja

Tilanne heikkenee, R +20% tammikuusta

Tuplasulku 1.12- ja 1.2.-

Yhteenvetoa

THL:n koodista tuli siis valmiina kuvaaja päivittäisistä kuolemista seka summa tarkasteluajanjakson kuolemista. Koodin muokkaaminen tuottamaan kuvaaja kumulatiivisista kuolemista jää myöhemmäksi harjoitukseksi, jotta tästä tekstistä tulee valmis joskus.